Journal of the American Chemical Society
Page 8 of 9
Zheng, H.; Reetz, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132,
P. S. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739ꢀ1749.
15744ꢀ15751.
23. Pronk, S.; Pall, S.; Schulz, R.; Larsson, P.; Bjelkmar, P.;
Apostolov, R.; Shirts, M. R.; Smith, J. C.; Kasson, P. M.; van
der Spoel, D.; Hess, B.; Lindahl, E. Bioinformatics 2013, 29,
845ꢀ854.
24. LindorffꢀLarsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.;
Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78,
1950ꢀ1968.
25. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.;
Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157ꢀ1174.
26. Sousa da Silva, A. W.; Vranken, W. F. BMC Res. Notes.
2012, 5, 367.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.;
Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.
M., B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.;
Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.;
Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda,
R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.;
Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, Jr., J. A.;
Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothꢀ
ers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.;
Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.;
Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J.
M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo,
C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev,
O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.;
Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G.
A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A.
D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.;
Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.1; Gaussian, Inc.: Wallꢀ
ingford CT, 2009.
28. Barth, E.; Kuczera, K.; Leimkuhler, B.; Skeel, R. D. J. Com-
put. Chem. 1995, 16, 1192ꢀ1209.
29. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. Mod-
el. 1996, 14, 33ꢀ38.
30. Durrant, J. D.; Votapka, L.; Sorensen, J.; Amaro, R. E. J.
Chem. Theory Comput. 2014, 10, 5047ꢀ5056.
31. Salentin, S.; Schreiber, S.; Haupt, V. J.; Adasme, M. F.;
Schroeder, M. Nucleic Acids Res. 2015, 43, W443ꢀ447.
32. Chan, H. C.; Filipek, S.; Yuan, S. Sci. Rep. 2016, 6, 34736.
33. (a) Yuan, S.; Chan, H. C.; Filipek, S.; Vogel, H. Structure
2016, 24, 2041ꢀ2042. (b) Yuan, S.; Chan, H. C. S.; Hu, Z.
WIREs. Comput. Mol. Sci. 2017, 7:e1298.
34. Bachega, J. F.; Timmers, L. F.; Assirati, L.; Bachega, L. R.;
Field, M. J.; Wymore, T. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2190ꢀ
2196.
35. Neese, F. WIREs. Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 73ꢀ78.
36. Kanaan, N.; Crehuet, R.; Imhof, P. J. Phys. Chem. B. 2015,
119, 12365ꢀ12380.
37. Marti, S.; Moliner, V.; Tunon, I. J. Chem. Theory. Comput.
2005, 1, 1008ꢀ1016.
1
2
3
4
5
6
7
8
8. (a) Reymond, J.ꢀL. (ed.) Enzyme Assays ꢀ High throughput
Screening, Genetic Selection andFingerprinting, Wileyꢀ
VCH, Weinheim, 2006. (b) AcevedoꢀRocha, C. G.; Agudo,
R.; Reetz, M. T. J. Biotechnol. 2014, 191, 3ꢀ10.
9. (a) Practical tips and guidelines when applying iterative
saturation mutagenesis (ISM): AcevedoꢀRocha, C. G.; Hoeꢀ
benreich, S.; Reetz, M. T. Methods Mol. Biol. 2014, 1179,
103ꢀ128. (b) Reetz, M. T.; Carballeira, J. D. Nat. Protocols.
2007, 2 (4), 891ꢀ903. (c) Review of directed evolution of steꢀ
reoselective enzymes with emphasis on ISM: Reetz, M. T.
Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 138ꢀ174.
10. Wijma, H. J.; Floor, R. J.; Bjelic, S.; Marrink, S. J.; Baker,
D.; Janssen, D. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 3726ꢀ
3730.
11. (a) Lind, M. E.; Himo, F. Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52,
4563ꢀ4567. (b) Hopmann, K. H.; Hallberg, B. M.; Himo, F. J.
Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14339ꢀ14347. (c) Lind, M. E. S.;
Himo, F. ACS Catal. 2016, 6, 8145ꢀ8155.
12. Bakan, A.; Dutta, A.; Mao, W.; Liu, Y.; Chennubhotla, C.;
Lezon, T. R.; Bahar, I. Bioinformatics 2014, 30, 2681ꢀ2683.
13. Bruice, T. C.; Lightstone, F. C. Acc. Chem. Res. 1999, 32,
127ꢀ136.
14. Lodola, A.; Mor, M.; Zurek, J.; Tarzia, G.; Piomelli, D.;
Harvey, J. N.; Mulholland, A. J. Biophys. J. 2007, 92, L20.
15. Hur, S.; Kahn, K.; Bruice, T. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
2003, 100, 2215.
16. Selected recent reviews of QM/MM of enzymes: (a) Senn, H.
M.; Thiel, W. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 1198. (b)
Siegbahn, P. E. M.; Himo, F. WIREs Comput. Mol. Sci.
2011, 1: 323ꢀ336. (c) van der Kamp, Mulholland, A. J.
Biochemistry 2013, 52, 2708ꢀ2728. (d) Warshel, A. Angew.
Chem. Int. Ed. 2014, 53, 10020ꢀ10031. (e) Osuna, S.;
JimenezꢀOses, G.; Noey, E. L.; Houk, K. N. Acc. Chem. Res.
2015, 48, 1080ꢀ1089. (f) Jindal, G.; Warshel, A. J. Phys.
Chem. B. 2016, 120, 9913. (g) Sousa, S. F.; Ribeiro, A. J.
M.; Neves, R. P. P.; Bras, N. F.; Cerqueira, N. M. F. S. A.;
Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. WIREs Comput. Mol. Sci.
2017, 7: e1281.
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
17. Otwinowski, Z.; Minor, W. Method. Enzymol. 1997, 276,
307ꢀ326.
18. McCoy, A. J.; GrosseꢀKunstleve, R. W.; Adams, P. D.;
Winn, M. D.; Storoni, L. C.; Read, R. J. J. Appl. Crystallogr.
2007, 40, 658ꢀ674.
19. Adams, P. D.; Afonine, P. V.; Bunkoczi, G.; Chen, V. B.;
Davis, I. W.; Echols, N.; Headd, J. J.; Hung, L. W.; Kapral,
G. J.; GrosseꢀKunstleve, R. W.; McCoy, A. J.; Moriarty, N.
W.; Oeffner, R.; Read, R. J.; Richardson, D. C.; Richardson,
J. S.; Terwilliger, T. C.; Zwart, P. H. Acta Crystallogr. D.
Biol. Crystallogr. 2010, 66, 213ꢀ221.
20. Emsley, P.; Lohkamp, B.; Scott, W. G.; Cowtan, K. Acta
Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. 2010, 66, 486ꢀ501.
21. Schrödinger, L.; Schrödinger, LLC: 2015.
22. Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.;
Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.;
Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E.; Francis, P.; Shenkin,
ACS Paragon Plus Environment