RSC Advances
Paper
2
K. G. Mann, S. Krishnaswamy and J. H. Lawson, Semin. 22 W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura,
Hematol., 1992, 29, 213–226.
C. T. Esmon, Annu. Rev. Cell Biol., 1993, 9, 1–26.
E. Braunwald, R. M. Califf, C. P. Cannon, K. A. Fox, V. Fuster,
R. W. Impey and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 1983, 79, 926.
23 S. E. Feller, Y. Zhang, R. W. Pastor and B. R. Brooks, J. Chem.
Phys., 1995, 103, 4613–4621.
3
4
W. B. Gibler, R. A. Harrington, S. B. King, N. S. Kleiman, 24 G. J. Martyna, D. J. Tobias and M. L. Klein, J. Chem. Phys.,
P. Theroux, E. J. Topol, F. Van de Werf, H. D. White and
J. T. Willerson, Am. J. Med., 2000, 108, 41–53.
1994, 101, 4177–4189.
25 A. C. W. Pike, A. M. Brzozowski, S. M. Roberts, O. H. Olsen
and E. Persson, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96,
8925–8930.
26 R. Prasad and P. Sen, Phys. Chem. Chem. Phys., 2017, 19,
22230–22242.
27 R. Prasad and P. Sen, J. Biomol. Struct. Dyn., 2018, 36, 621–
633.
28 P. F. Neuenschwander, E. Bianco-Fisher, A. R. Rezaie and
J. H. Morrissey, Biochemistry, 1995, 34, 13988–13993.
29 T. Harayama and H. Riezman, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2018,
19, 281–296.
5
6
C. J. Murray and A. D. Lopez, Lancet, 1997, 349, 1269–1276.
M. Franchini, M. Montagnana, G. Targher, F. Manzato and
G. Lippi, J. Thromb. Thrombolysis, 2007, 24, 29–38.
R. F. A. Zwaal, P. Comfurius and E. M. Bevers, Cell. Mol. Life
Sci., 2005, 62, 971–988.
I. Gerads, J. W. P. Govers-Riemslag, G. Tans, R. F. A. Zwaal
and J. Rosing, Biochemistry, 1990, 29, 7967–7974.
S. A. Ansari, U. R. Pendurthi, P. Sen and L. V. M. Rao, PLoS
One, 2016, 11, e0158377.
7
8
9
1
1
1
1
1
1
1
0 A. W. Shaw, V. S. Pureza, S. G. Sligar and J. H. Morrissey, J.
Biol. Chem., 2007, 282, 6556–6563.
1 H. Deguchi, S. Yegneswaran and J. H. Griffin, J. Biol. Chem.,
30 S. Mallik, R. Prasad, A. Bhattacharya and P. Sen, ACS Med.
Chem. Lett., 2018, 9, 434–439.
31 I. Lindh and J. Stawinski, J. Org. Chem., 1989, 54, 1338–1342.
2004, 279, 12036–12042.
2 J. Wang, U. R. Pendurthi and L. V. M. Rao, Blood Adv., 2017, 32 M. P. Muller, Y. Wang, J. H. Morrissey and E. Tajkhorshid, J.
, 849–862. Thromb. Haemostasis, 2017, 15, 2005.
3 S. Mallik, R. Prasad, A. Bhattacharya and P. Sen, ACS Med. 33 J. H. Morrissey, E. Tajkhorshid, S. G. Sligar and
Chem. Lett., 2018, 9, 434–439. C. M. Rienstra, Thromb. Res., 2012, 129, S8–S10.
4 A. C. Pike, A. M. Brzozowski, S. M. Roberts, O. H. Olsen and 34 M. Ndonwi, G. J. Broze, S. Agah, A. E. Schmidt and S. P. Bajaj,
E. Persson, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96, 8925–8930. J. Biol. Chem., 2007, 282, 15632–15644.
5 M. T. Murakami, J. Rios-Steiner, S. E. Weaver, A. Tulinsky, 35 N. Tavoosi, R. L. Davis-Harrison, T. V. Pogorelov,
1
J. H. Geiger and R. K. Arni, J. Mol. Biol., 2007, 366, 602–610.
6 K. Harlos, D. M. Martin, D. P. O'Brien, E. Y. Jones,
D. I. Stuart, I. Polikarpov, A. Miller, E. G. Tuddenham and
C. W. Boys, Nature, 1994, 370, 662–666.
Y. Z. Ohkubo, M. J. Arcario, M. C. Clay, C. M. Rienstra,
E. Tajkhorshid and J. H. Morrissey, J. Biol. Chem., 2011,
286, 23247–23253.
36 E. Mombelli, R. Morris, W. Taylor and F. Fraternali, Biophys.
J., 2003, 84, 1507–1517.
37 J. P. Slotte, Biochim. Biophys. Acta, Biomembr., 2016, 1858,
304–310.
38 T. Yasuda, M. A. Al Sazzad, N. Z. J ¨a ntti, O. T. Pentik ¨a inen and
J. P. Slotte, Biophys. J., 2016, 110, 431–440.
39 I. de la Arada, E. J. Gonz ´a lez-Ram ´ı rez, A. Alonso, F. M. Go n˜ i
and J. L. R. Arrondo, Sci. Rep., DOI: 10.1038/s41598-020-
74781-8.
1
1
1
2
7 Y. A. Muller, M. H. Ultsch and A. M. de Vos, J. Mol. Biol.,
1996, 256, 144–159.
8 S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers and
D. J. Lipman, J. Mol. Biol., 1990, 215, 403–410.
9 M. Sen, M. Herzik Jr, J. W. Cra Jr, A. L. Creath, S. Agrawal,
W. Ruf and G. B. Legge, Open Spectrosc. J., 2009, 3, 58–64.
0 B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States,
S. Swaminathan and M. Karplus, J. Comput. Chem., 1983, 4,
1
87–217.
40 J. H. Gajsiewicz and J. M. Morrissey, Semin. Thromb.
Hemostasis, 2015, 41, 682–690.
2
1 A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack,
J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, 41 D. Venkateswarlu, L. Perera, T. Darden and L. G. Pedersen,
S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, Biophys. J., 2002, 82, 1190–1206.
F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, 42 R. Prasad and P. Sen, J. Biomol. Struct. Dyn., 2018, 36, 621–
B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, 633.
J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, 43 B. V. Norledge, R. J. Petrovan, W. Ruf and A. J. Olson,
J. Wi ´o rkiewicz-Kuczera, D. Yin and M. Karplus, J. Phys.
Chem. B, 1998, 102, 3586–3616.
Proteins: Struct., Funct., Genet., 2003, 53, 640–648.
44 K. Vadivel and S. P. Bajaj, Front. Biosci., 2012, 17, 2476.
3398 | RSC Adv., 2021, 11, 3390–3398
© 2021 The Author(s). Published by the Royal Society of Chemistry