Notes and references
Rozenberg, R. Rohs, O. Suad, D. Rabinovich, B. Honig and Z. Shakked,
Nat. Struct. Mol. Biol., 2010, 17, 423–429.
22 E. I. Zagryadskaya, F. R. Doyon and S. V. Steinberg, Nucleic Acids
Res., 2003, 31, 3946–3953.
23 J. V. Skelly, K. J. Edwards, T. C Jenkins and S. Neidle, Proc. Natl. Acad.
Sci. U. S. A., 1993, 90, 804–808.
24 N. G. A. Abrescia, A. Thompson, T. Huynh-Dinh and J. A. Subirana,
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2002, 99, 2806–2811.
25 (a) P. M. Gannett and T. P. Sura, Synth. Commun., 1993, 23,
1611–1615; (b) L. Gillet and O. D. Sch a¨ rer, Org. Lett., 2002, 4, 4205–
4208.
26 E. C Western, J. R. Daft, E. M. Johnson, II, P. M Gannett and K. H.
Shaughnessy, J. Org. Chem., 2003, 68, 6767–6774.
27 K. K. Ogilvie, Can. J. Chem., 1973, 51, 3799–3807.
28 D. Onidas, D. Markovitsi, S. Marguet, A. Sharonov and T. Gustavsson,
J. Phys. Chem. B, 2002, 106, 11367–11374.
1
(a) C. Wojczewski, K. Stolze and J. W. Engels, Synlett, 1999, 1667–1678;
(
b) R. T. Ranasinghe and T. Brown, Chem. Commun., 2005, 5487–5502;
c) A. P. Silverman and E. T. Kool, Chem. Rev., 2006, 106, 3775–3789.
(
2
3
J. N. Wilson and E. T. Kool, Org. Biomol. Chem., 2006, 4, 4265–4274.
R. W. Sinkeldam, N. J. Greco and Y. Tor, Chem. Rev., 2010, 110, 2579–
2
619.
(a) D. C. Ward, E. Reich and L. Stryer, J. Biol. Chem., 1969, 244,
228–1237; (b) J. M. Jean and K. B. Hall, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.
4
5
6
1
A., 2001, 98, 37–41; (c) E. L. Rachofsky, R. Osman and J. B. A. Ross,
Biochemistry, 2001, 40, 946–956.
(a) M. E. Hawkins, W. Pfleiderer, A. Mazumder, Y. G. Pommier and F.
M. Balis, Nucleic Acids Res., 1995, 23, 2872–2880; (b) M. E. Hawkins,
W. Pfleiderer, O. Jungmann and F. M. Balis, Anal. Biochem., 2001, 298,
2
31–240.
(a) J. Wierzchowski, B. Wielgus-Kutrowska and D. Shugar, Biochim.
Biophys. Acta, 1996, 1290, 9–17; (b) F. Seela, D. Jiang and K. Xu, Org.
Biomol. Chem., 2009, 7, 3463–3473.
C. P. Da Costa, M. J. Fedor and L. G. Scott, J. Am. Chem. Soc., 2007,
1
29 Y. Kyogoku, R. C. Lord and A. Rich, Science, 1966, 154, 518–520.
30 K. Siriwong, A. A. Voityuk, M. D. Newton and N. R o¨ sch, J. Phys.
Chem. B, 2003, 107, 2595–2601.
7
8
31 N. K. Schwalb, T. Michalak and F. Temps, J. Phys. Chem. B, 2009, 113,
29, 3426–3432.
16365–16376.
(a) I. Hirao, Y. Harada, M. Kimoto, T. Mitsui, T. Fujiwara and S.
Yokoyama, J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 13298–13305; (b) T. Mitsui,
M. Kimoto, R. Kawai, S. Yokoyama and I. Hirao, Tetrahedron, 2007,
32 Gaussian 03, Revision D.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel,
G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J., J. A. Montgomery,
T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar,
J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R.
Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao,
H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y.
Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G.
Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K.
Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q.
Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A.
Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith,
M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P.
M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A.
Pople, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2004.
6
1
3, 3528–3537; (c) S. G. Srivatsan and Y. Tor, J. Am. Chem. Soc., 2007,
29, 2044–2053.
9
C. K. McLaughlin, D. R. Lantero and R. A. Manderville, J. Phys.
Chem. A, 2006, 110, 6224–6230.
1
0 (a) A. L. Millen, C. K. McLaughlin, K. M. Sun, R. A. Manderville
and S. D. Wetmore, J. Phys. Chem. A, 2008, 112, 3742–3753; (b) A. L.
Millen, R. A. Manderville and S. D. Wetmore, J. Phys. Chem. B, 2010,
1
14, 4373–4382; (c) A. L. Millen, C. D. M. Churchill, R. A. Manderville
and S. D. Wetmore, J. Phys. Chem. B, 2010, 114, 12995–13004.
1 J. L. Weishar, C. K. McLaughlin, M. Baker, W. Gabryelski and R. A.
Manderville, Org. Lett., 2008, 10, 1839–1842.
1
1
2 K. M. Schlitt, K. M. Sun, R. J. Paugh, A. L. Millen, L. Navarro-
Whyte, S. D. Wetmore and R. A. Manderville, J. Org. Chem., 2009, 74,
5
793–5802.
1
1
3 A. Collier and G. K. Wagner, Chem. Commun., 2008, 178–180.
4 K. M. Sun, C. K. McLaughlin, D. R. Lantero and R. A. Manderville,
J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 1894–1895.
5 (a) L. Valis, E. Mayer-Enthart and H.-A. Wagenknecht, Bioorg. Med.
Chem. Lett., 2006, 16, 3184–3187; (b) C. Wanninger-Weiß, L. Valis and
H.-A. Wagenknecht, Bioorg. Med. Chem., 2008, 16, 100–106.
6 G. Hobley, V. Gubala, M. D. C Rivera-S a´ nchez and J. M. Rivera,
Synlett, 2008, 1510–1514.
33 (a) Y. J. Seo, J. H. Ryu and B. H. Kim, Org. Lett., 2005, 7, 4931–
4933; (b) A. T. Krueger and E. T. Kool, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130,
3989–3999.
34 L. V. Nechev, I. D. Kozekov, A. K. Brock, C. J. Rizzo and T. M. Harris,
Chem. Res. Toxicol., 2002, 15, 607–613.
35 A. B. Sierzchala, D. J. Dellinger, J. R. Betley, T. K. Wyrzykiewicz,
C. M. Yamada and M. H. Caruthers, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125,
13427–13441.
36 C. S. Foote and C. Sheu, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 6439–6442.
37 S. Fery-Forgues and D. Lavabre, J. Chem. Educ., 1999, 76, 1260–
1264.
1
1
1
7 J. L. Sessler, J. Jayawickramarajah, C. L. Sherman and J. S. Brodbelt,
J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11460–11461.
1
1
8 N. J. Greco and Y. Tor, Tetrahedron, 2007, 63, 3515–3527.
9 Y. Wang, D. A. Rusling, V. E. C. Powers, O. Lack, S. D. Osborne, K.
R. Fox and T. Brown, Biochemistry, 2005, 44, 5884–5892.
0 J. T. Davis and G. P. Spada, Chem. Soc. Rev., 2007, 36, 296–313.
1 (a) G. A. Patikoglou, J. L. Kim, L. Sun, S.-H. Yang, T. Kodadek and
S. K. Burley, Genes Dev., 1999, 13, 3217–3230; (b) M. Kitayner, H.
38 J. N. Demas and G. A. Crosby, J. Phys. Chem., 1971, 75, 991–
1024.
2
2
39 S. Dubeau, P. Bourassa, T. J. Thomas and H. A. Tajmir-Riahi,
Biomacromolecules, 2010, 11, 1507–1515.
40 A. P. Scott and L. Radom, J. Phys. Chem., 1996, 100, 16502–16513.
This journal is © The Royal Society of Chemistry 2011
Org. Biomol. Chem., 2011, 9, 1565–1571 | 1571